W historię Sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej w Szczuczynie wpisana jest historia Zakonu Pijarów na ziemi grodzieńskiej. Pijarzy przybyli do Szczuczyna w 1718 r., gdzie wybudowali kościół pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa i św. Teresy z Ávila. Do czasu kasaty dokonanej przez cara rosyjskiego po Powstaniu Listopadowym prowadzili również szkołę z internatem. Po wieku nieobecności wrócili dopiero w 1928 r., ale po 30 latach władze komunistyczne siłą usunęły jedynego księdza. Dopiero w 1989 r., kiedy wierni odzyskali kościół, do parafii przybył kolejny pijar, o. Kazimierz Wójciak. Przywiózł ze sobą pamiątkę ze swej pielgrzymi do Fatimy, niewielką figurę Matki Bożej. Zaczął też, 13. dnia miesiąca, odprawiać nabożeństwa fatimskie. A mała drewniana figura Pani Fatimskiej rozpoczęła swoją siedmioletnią wędrówkę po domach parafii, przyjmowana nie tylko przez rodziny wiernych katolików, ale również prawosławnych. 13 października 1990 r. do kościoła uroczyście wprowadzono dużą figurę Matki Bożej Fatimskiej przywiezioną przez księży pallotynów z Zakopanego. Kult maryjny rozszerzał się, a dzięki lasce Bożej wiele osób przystępowało po wielu latach do spowiedzi, małżonkowie zawierali sakramentalne związki małżeńskie, zwaśnieni sąsiedzi godzili się między sobą, dzieci i młodzież chętnie uczęszczała na katechezę. Na prośbę bpa Aleksandra Kaszkiewicza, ordynariusza grodzieńskiego papież Jan Paweł II dokonał koronacji figury Matki Bożej. Odbyło się to w wigilię uroczystości Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, 14 sierpnia 1991 r. na Jasnej Górze, podczas pielgrzymki Ojca Świętego na Światowe Dni Młodzieży w Częstochowie. W dniu liturgicznego wspomnienia św. Józefa Kalasancjusza, założyciela pijarów, 25 sierpnia 1993 r. papież Jana Paweł II wydał list, który potwierdza ten fakt, „aby zachęcić wiernych do podtrzymywania gorliwości w czci wobec Matki Bożej”. Bp Aleksander Kaszkiewicz dekretem z 16 listopada 2017 r. ustanowił w szczuczyńskiej świątyni, gdzie przechowywana jest koronowana figura, Sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej Królowej Różańca Świętego.