Mszy w sanktuarium na warszawskich Siekierkach przewodniczył prymas senior, kardynał Józef Glemp; homilię wygłosił ojciec Prowincjał  Józef Tarnawski. W uroczystościach pogrzebowych uczestniczył o. Generał Pedro Aguado.
"Ojciec Józef dopełnił swego życia. Zawody, w których wziął udział jako szlachetny sportowiec, dobiegły końca. Dobiegł do mety jako kapłan, zakonnik, przyjaciel, członek rodziny, duszpasterz, osoba, którą tak dobrze znaliśmy" - powiedział w homilii o. J. Tarnawski.
O godz. 16.00 w Świątyni Opatrzności Bożej w warszawskim Wilanowie odbyły się  uroczystości pogrzebowe o. Józefa Jońca oraz ks. Zdzisława Króla (kapelana Warszawskiej Rodziny Katyńskiej i postulatora procesu beatyfikacyjnego ks. Jerzego Popiełuszki) i ks. Andrzeja Kwaśnika (kapelana Federacji Rodzin Katyńskich), którzy także zginęli w katastrofie.
Mszy świętej  przewodniczył metropolita warszawski abp Kazimierz Nycz. W uroczystościach pogrzebowych uczestniczyli premier Donald Tusk i marszałek Senatu Bogdan Borusewicz.
Człowiek powinien być zawsze przygotowany na śmierć – powiedział w homilii abp Kazimierz Nycz. Zaznaczył, że żadne analogie nie są do końca w stanie wytłumaczyć katastrofy prezydenckiego samolotu pod Smoleńskiem. Jednak – jak podkreślił – powinna ona uświadomić, że śmierć często przychodzi nagle i niespodziewanie. Hierarcha dodał, że ludzie często o tym zapominają.
- Człowieku, chrześcijaninie, trzeba, żebyś był zawsze gotowy na śmierć, żebyś był gotowy na spotkanie z Chrystusem - mówił metropolita warszawski dodając: "Czuwajcie więc, bo nie znacie dnia ani godziny".

Wszyscy trzej kapłani zostali pośmiertnie odznaczeni Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski. Przed Mszą św. ordery przekazano rodzinom zmarłych kapłanów.
Duchowni zostali pochowani w krypcie zasłużonych Polaków.