Początki szkół pijarskich w Elblągu sięgają 2004 roku. Wtedy to powstała szkoła podstawowa i gimnazjum. Pierwszym dyrektorem szkoły był o. Wojciech Wojda SP. Organem założycielskim i prowadzącym szkołę jest Polska Prowincja Zakonu Pijarów. Obecnie w skład Zespołu Szkół Zakonu Pijarów im. św. Mikołaja w Elblągu wchodzi też liceum ogólnokształcące. 12 maja 2014 roku z okazji 10-lecia Zespołu Szkół Pijarskich w Elblągu szkoła otrzymała sztandar. Drugim dyrektorem szkoły był o. Sławomir Dziadkiewicz SP, a obecnie tę funkcję pełni o. Rafał Roszer SP.

Założenia szkoły pijarskiej wynikają z tradycji i fundamentalnych idei pedagogiki pijarskiej. 

Wychowanie i nauczanie w Zespole Szkół oparte jest na zasadach i wartościach chrześcijańskich przy zachowaniu szacunku dla każdego ucznia. Zespół Szkół jako szkoła katolicka posiada i realizuje programy wychowania, nauczania i profilaktyki oparte na zasadach i wartościach głoszonych przez Kościół katolicki. Jednocześnie szkoła jest otwarta na uczniów niewierzących lub wyznających inną religię, wychowuje do wzajemnego szacunku, pokoju i współpracy. Uczniowie ci zobowiązani są do zachowywania zasad Statutu, uczestniczenia w realizowanych przez szkołę programach wychowania i nauczania. 

1. Wychowanie w duchu wartości chrześcijańskich. Nasza szkoła jest placówką katolicką. Jednak kwestia wyznawania i praktykowania wiary nie stanowi kryterium przyjęcia do szkoły. Jesteśmy gotowi współpracować w procesie kształcenia i wychowania dzieci i młodzieży. Proponujemy m.in. comiesięczną Eucharystię Wspólnoty szkolnej, Msze święte klasowe, Liturgiczną Służbę Ołtarza, grupę charytatywną, formację religijną dla rodziców. W roku szkolnym 2017/18 rozpoczęło działalność Centrum Kultury Calasanz. 

2. Wysoko wykwalifikowana kadra nauczycieli Dbamy także o wysoki poziom nauczania poprzez dobór odpowiedniej kadry. Ona to bowiem stanowi bardzo ważny element w procesie nauczania i wychowania dzieci i młodzieży. Jako pijarzy, dbamy także o to, by nasi nauczyciele czynnie uczestniczyli w procesie formacji religijnej naszych podopiecznych. 

3. Innowacje Od 400 lat szkoły pijarskie zawsze były innowacyjne. Również my, wykorzystując postęp technologiczny, zawsze staramy się szanować to, co zostało wypracowane przez pokolenia w Zakonie Pijarów. Między innymi to rozwijanie pasji, wiedzy i zainteresowań uczniów, pokazując, że relacja „Mistrz – Uczeń” jest podstawą.   W naszej szkole prowadzimy innowacje:

• Programowanie dla uczniów klas 1-3 szkoły podstawowej.
• Edukacja logicznego i matematycznego myślenia poprzez szachy w klasach 1-3 szkoły podstawowej.
• Chór w klasach 1-3 szkoły podstawowej. • Grupa muzyczna od kl. 4 szkoły podstawowej.
• Przyrodnicza (więcej zajęć z chemii i biologii, zajęcia poza szkołą w przedsiębiorstwach i laboratoriach).
• Humanistyczna (lektoraty w małych grupach, możliwość tzw. „speech-u” w j. angielskim, warsztaty dziennikarskie, ścieżki regionalne, warsztaty teatralne).
• W liceum ogólnokształcącym proponujemy tzw. profile:
  → Medyczny ( rozszerzony j. angielski, chemia, biologia, możliwość rozszerzenia matematyki. Zajęcia laboratoryjne z chemii).
  → Humanistyczno – prawny (rozszerzony j. polski, j. angielski, historia i/lub WOS. Ponadto innowacja z zajęć retoryki. Partnerska współpraca z Elbląskim Klubem Literackim „Alternatywni”).
  → Matematyczno – politechniczny (rozszerzony z j. angielski, matematyka, fizyka lub geografia. Współpraca z wydziałem informatyki PWSZ w Elblągu.

4. Bogata oferta zajęć dodatkowych W szkole funkcjonuje świetlica szkolna z różnorodną paletą zajęć i miejscem do zabawy. Jest możliwość zamówienia obiadu (przerwa obiadowa 13.25-13.45) a także sklepik szkolny. Ponadto współpracujemy z:

• Związkiem Harcerstwa Polskiego
• Uczelniami wyższymi z Elbląga, Gdańska, Olsztyna i Torunia
• Elbląskim Klubem Literackim „Alternatywni”
• Młodzieżowym Domem Kultury w Elblągu
• Caritas Diecezji Elbląskiej
• Fundacją Elbląg
• Fundacją Oświatową im. ks. Stanisława Konarskiego
• Fundacją „Krąg przyjaciół dziecka”
• Przedszkolem katolickim im. bł. Franciszki Siedliskiej w Elblągu
• oraz z innymi instytucjami w Elblągu i okolicach.

5. Wydarzenia cykliczne Atutem naszej szkoły jest wspólnota z innymi szkołami i placówkami pijarskimi w Polsce i poza granicami naszej Ojczyzny. Dzięki tej współpracy proponujemy wiele ciekawych i cyklicznych inicjatyw m.in. : • Piarist Youth Meeting (wakacyjne międzynarodowe spotkanie młodzieży pijarskiej). • Spotkanie Młodzieży Pijarskiej w Krakowie (SMP) • Kurs ewangelizacyjny • Sylwester pijarski • Kurs Animatora Pijarskiego (KAP) • Parafiada Środowisk Pijarskich im. o. Józefa Jońca w Krakowie • Finały Międzynarodowej Parafiady Dzieci i Młodzieży w Warszawie • Parafiada Archidiecezji Wileńskiej w Landwarowie (Lentvaris, Litwa) • Przegląd Teatralny w Łowiczu • Przegląd Scholi Pijarskich w Łowiczu • Ogólnopolska Inauguracja roku szkolnego w Warszawie • Dni Integracji Pijarskiej w Poznaniu + Lednica (DIP) • Udział w rekolekcjach i dniach skupienia organizowanych przez duszpasterstwo   Polskiej Prowincji Zakonu Pijarów • Uroczystość ślubów wieczystych i Święceń kapłańskich zakonników pijarskich - Wymiana uczniowska ze szkołą w Berlinie  

6. Bezpieczeństwo w szkole. Nasza szkoła jest miejscem bezpiecznym. Teren szkoły jest ogrodzony, a dzięki nadzorowi do budynku nie mogą się dostać osoby z zewnątrz bez wyraźnej zgody pracowników.

7. Osiągnięcia Szóstoklasiści podczas ogólnopolskiego sprawdzianu kompetencji w 2014 roku osiągnęli wynik 32,6 punktu, gdzie średni wynik wynosił 25,82 punktu. Nasze liceum znalazło się w czołówce rankingu najbardziej aktywnych społecznie – w Rankingu Szkół Kompetencji Przyszłości. Fundacja Edukacyjna "Perspektywy" potwierdza, że Publiczne Liceum Zakonu Pijarów im. św. Mikołaja w Elblągu jest wśród 500 najlepszych liceów w Polsce sklasyfikowanych w Rankingu Szkół Ponadgimnazjalnych PERSPEKTYWY 2017 i przysługuje mu tytuł "Brązowej Szkoły 2018" .