Dzieje Gimnazjum Pijarskiego w Krakowie sięgają roku 1909, kiedy podjęta została decyzja o uruchomieniu szkoły w budynku Kolegium Pijarów przy ul. Pijarskiej 2. W tym samym czasie zapadła decyzja o zakupieniu majątku we wsi Rakowice pod Krakowem, gdzie wzniesiony został nowy budynek szkoły.

W roku 1913 nowy gmach wybudowany według wzoru belgijskiego został oddany na użytek działalności edukacyjnej. W latach I wojny światowej został jednak zarekwirowany na potrzeby armii niemieckiej i pełnił funkcję lazaretu. Dopiero w roku 1919 szkoła ponownie rozpoczęła działalność w wybudowanym gmachu.

Okres dwudziestolecia międzywojennego to czas realizowania misji wychowania i nauczania wśród dzieci i młodzieży. W roku 1939 wybuch II wojny światowej spowodował utratę budynku szkolnego – został on przekształcony na siedzibę niemieckiej Luftwaffe, ze względu na bliskość lotniska. Wycofując się z Krakowa w 1945 roku, Niemcy podpalili budynek.

Pijarzy wrócili do szkoły, odnawiając budynek. Jednak już w latach pięćdziesiątych budynek został przejęty przez LWP, a szkoła została przeniesiona do centrum, do niewielkiego budynku przy ul. Czapskich. Dopiero w roku 1990 udało się ponownie odzyskać i wyremontować gmach dla potrzeb szkoły. Jednocześnie 1 września 1990 roku wprowadzał – poza zmianą lokalizacji szkoły – koedukację.

Wraz z kolejną reformą systemu oświaty w Polsce 1 września 1999 r. rozpoczęło działalność Gimnazjum nr 52, tym razem jednak w dawnym budynku katechetycznym przy ul. Dzielskiego 1.

Które zostało wygaszone w wyniku reformy systemu oświaty z 2017 r. Wtedy też została powołana do życia Szkoła Podstawowa, która zastąpiła Gimnazjum.