Pijarzy przybyli do Polski z Moraw w 1642 roku. Życzliwość, jaką żywił dla pijarów król Jan Kazimierz, była bodźcem do starania się o założenie kolegium w Krakowie. Zgodę na to staranie dał przywilej królewski z 1654 roku. Przywilej zezwolił pijarom na kupno posiadłości i placu w Krakowie, zwalniając jednocześnie te nabytki od wszelkich podatków. Pierwszym miejscem osiedlenia się piarów był Kazimierz a po przezwyciężeniu trudności ze strony mieszczan krakowskich i konwentów zakonnych, które były przeciwne powstaniu nowego klasztoru w murach miasta, pod koniec 1673 roku nowym miejscem były przystosowane kamienice między Bramą Floriańską a ulicą Sławkowską.
Późnobarokowy (właściwie rokokowy) kościół Przemienienia Pańskiego został zaprojektowany przez znanego architekta Kacpra Bażankę i wzniesiony w latach 1718-1728, a fasada zaprojektowana przez Franciszka Placidiego powstała w latach 1759-1761. Kościół jest wzniesiony na planie prostokąta, posiada jedną nawę i – otwarte ku niej – kaplice boczne. Wyraźne są nawiązania do kościoła w typie Il Gesù. Iluzjonistyczne polichromie we wnętrzu są dziełem dwóch artystów Franciszka Ecksteina i Józefa Piltza powstały w roku 1733. Dziełem Ecksteina jest także iluzjonistyczny ołtarz główny oraz freski na sklepieniu nawy głównej.
Po prawej stronie ołtarza, jako narodowa relikwia, wmurowane jest serce ks. Stanisława Konarskiego, zwanego patriarchą polskich pijarów. To jego popiersie zostało umieszczone przed fasadą kościoła w setną rocznicę uchwalenia Konstytucji 3-Maja. Przed wejściem do kościoła znajduje się jego popiersie.
W świątyni znajduje się też dolny kościół, który został przeznaczony na umieszczanie Grobu Pańskiego i Świętych Schodów. Kaplica została konsekrowana w 1733 r. i należy do rzadkiej grupy barokowych zabytków przeznaczonych do kontemplacji Męki Chrystusa. Wystrój i wyposażenie kaplicy stanowią asymetryczne Święte Schody, odgrodzony kratami ołtarz p.w. Więzienia Jezusowego na ich szczycie, grota Grobu Pańskiego oraz malowidła ze scenami pasyjnymi, wykonane przez Andrzeja Radwańskiego i Franciszka Ecksteina. Kaplicę otaczają katakumby zlokalizowane w bocznych korytarzach krypty. Po ich lewej stronie chowano osoby duchowne, natomiast po prawej świeckich fundatorów. W XIX w. kult Świętych Schodów zaczął zanikać. Od 1887 r. dolny kościół był wykorzystywany jako kaplica pogrzebowa dla zasłużonych osób. Stąd uroczyście wyprowadzono trumny J. I. Kraszewskiego, M. Zyblikiewicza i S. Wyspiańskiego. W 1888 r. zniszczone i nieczytelne malowidła ścienne zostały zamalowane. W XX w. podczas kolejnych remontów zlikwidowano ołtarz, zatynkowano katakumby, przekształcono schody i posadzkę. W stanie wojennym krypta służyła jako miejsce spotkań opozycji i niezależnych artystów, od 1997 r. działa tu popularna galeria „Krypta u Pijarów”. Pierwotna funkcja kaplicy uległa zapomnieniu.
W grudniu 2019 r. zakończył się projekt rewaloryzacji pijarskiej krypty w Krakowie w wyniku którego poddano konserwacji nieodkryte, unikatowe polichromie oraz zrekonstruowano Święte Schody.