Historia Sanktuarium Matki Bożej Nauczycielki Młodzieży sięga małej kapliczki zbudowanej po drugiej wojnie światowej w 1946 roku „z gruzów zburzonej Warszawy” przynoszonych przez ludzi. Przy tej kapliczce gromadzili się na modlitwę mieszkańcy Siekierek i przybywający z terenu Warszawy liczni wierni. Za ich staraniem kapliczka została poświęcona 8 maja 1949 roku. Zwyczaj modlitwy w tym miejscu pochodził z okresu wcześniejszego. Przedmiotem kultu była mała kapliczka umieszczona na pniu wiśni. Siekierki należały do parafii księży zmartwychwstańców pw. św. Kazimierza przy ul. Chełmskiej i parafii św. Bonifacego franciszkanów-bernardynów z Czerniakowa. W czasie wizytacji pasterskich parafii św. Bonifacego księża biskupi odwiedzali także kapliczkę na Siekierkach. Od maja 1977 roku opiekę duszpasterską zaczęli sprawować kapłani z parafii św. Stefana. 3 maja tegoż roku została po raz pierwszy odprawiona w kapliczce Msza św. Odtąd Eucharystia była sprawowana zwłaszcza w święta maryjne. Regularnie w każdą niedzielę Msze św. były odprawiane od stycznia 1980 roku. Obowiązek ten przyjął o. Edward Szajor, pijar, pełniący w parafii św. Stefana obowiązki wikariusza, oddelegowany przez Ks. Prymasa Kard. Stefana Wyszyńskiego do tworzenia ośrodka duszpasterskiego na Siekierkach. Oficjalnie Ksiądz Prymas powierza miejsce objawień zakonowi pijarów 16 listopada 1980 roku. Zatwierdza też wtedy samodzielny ośrodek duszpasterski. Zaczął się czas starań o teren, rozbudowy kaplicy oraz tworzenia wspólnoty zakonnej i parafialnej. Prace te w dalszym ciągu podejmuje z wielkim zaangażowaniem i zawierzeniem Matce Bożej o. Edward Szajor SP. Na niego też właściciele posesji składali oświadczenia o darowiźnie ziemi pod budowę kościoła i domu zakonnego. Decyzję o przejęciu terenu przez pijarów władze państwowe podpisały w dniu 3 maja 1983 roku, dokładnie w czterdziestą rocznicę rozpoczęcia objawień. 15 października 1984 roku następca Prymasa Tysiąclecia Kard. Józef Glemp poświęcił plac pod budowę kościoła.
Dnia 22 października 1988 roku Bp Zbigniew Kraszewski wmurował kamień węgielny i poświęcił dolny kościół. Projektantem kompleksu kościelnego jest inż. arch. Janusz Tofil. 15 marca 1988 r. ustanowiona została parafia pw. NMP Królowej Wyznawców. Potęguje to działanie utworzonych już wcześniej struktur duszpasterskich. Pierwszym proboszczem zostaje o. Kazimierz Wójciak SP (do VII 1989 r. ). O. Edward kontynuuje sprawy inwestycyjne związane z budową klasztoru i kościoła. W grudniu 1991 roku powstaje dom zakonny kanonicznie uformowany. Pierwszym rektorem wspólnoty pijarskiej jest o. Józef Joniec SP, który następnie zostaje mianowany proboszczem parafii (1989-1991). Następuje także okres szybkiego rozwoju dzieł o charyzmacie kalasantyńskim służących wzrostowi parafii i równocześnie przekraczających swym zasięgiem jej granice. Powstaje Fundacja „Krąg Przyjaciół Dziecka” im. św. Józefa Kalasancjusza, która organizuje pomoc dla szkół pijarskich i innych dzieł pedagogicznych. Z tym miejscem wiąże się mocno ruch parafiadowy. W 1992 roku powstało Stowarzyszenie Parafiada im. św. Józefa Kalasancjusza.
17 września 1994 roku Ksiądz Prymas Kard. Józef Glemp poświęcił zbudowany kościół parafialny. Uwieńczeniem tego jest ustanowienie 31 sierpnia 1997 roku przez Księdza Prymasa Józefa Glempa Sanktuarium diecezjalnego pod wezwaniem Matki Bożej Nauczycielki Młodzieży i poświęcenie przylegającej do kościoła kaplicy sanktuaryjnej z obrazem Matki Bożej malowanym przez art. mal. Marię Wollenberg-Kluza według przekazu z okresu objawień. Doczekał tego momentu o. Edward Szajor, (zmarł 08.10.1998), który zasłużył sobie na miano fundatora i budowniczego Sanktuarium. Dla jego zasług Prymas Polski wyraził zgodę na pochowanie go w obrębie sanktuarium. 29 sierpnia 1999 roku Ksiądz Prymas Józef Kard. Glemp dokonał poświęcenia, przebudowanej jako wotum za uleczenie z choroby alkoholowej, powiększonej wolno stojącej kaplicy na miejscu objawień Matki Bożej. W roku 2000 Sanktuarium cieszyło się przywilejem miejsca Odpustu Jubileuszowego.