Pierwsza historyczna wzmianka, wskazująca na istnienie kościoła albo kaplicy w Cieplicach, pochodzi z 1281 roku. Wówczas to książę Bernard (Lwówecki) ze Śląska, podarował Zakonowi Joannitów miejscowość noszącą nazwę calidusfons - tzn. ciepłe źródła. Od tych słów powstała nazwa miejscowości: Warmbrunn Cieplice. Dopiero od początku XV wieku mamy dokładne dane. 16 czerwca 1403 roku rycerz Gotsche Schoff II, dziedzic twierdzy Chojnik, zamieszkały na zamku w Gryfowie, ufundował w Cieplicach klasztor dla proboszcza i czterech ojców z Zakonu Cystersów w Krzeszowie. Większe przebudowy w klasztorze nastąpiły w latach 1678-1684. Z tych czasów pochodzą oba barokowe portale: nad bramą prowadzącą do ogrodu klasztornego i nad głównym wejściem do kościoła.
Największą tragedię przeżył klasztor i kościół 6 września 1711 roku. Tego dnia spaliły się doszczętnie stare zabudowania kościoła. Nowy kościół z wielkim poświęceniem został odbudowany przez macierzysty klasztor z Krzeszowa oraz hrabiego Hansa Antoniego Schaffgolsch w latach 1712-1714. Ostatnimi dniami radości dla klasztoru była uroczystość 400 lat jego istnienia, którą obchodzono od 4 do 7 września 1803 roku. Wydane 30 października 1810 roku rozporządzenie królewskie o zniesieniu wszystkich klasztorów i fundacji w Prusach, wprowadzono w klasztorze cieplickim 24 listopada 1810 roku. W 1812 roku klasztor wraz z majątkiem ziemskim przeszedł na własność hrabiego Leopolda Gotarda Schaffgotsch, który kupił go za 61 952 talarów. Fundacja rycerza Gotsche Schoffa II istniała 407 lat, 5 miesięcy i 9 dni. Po roku 1812 hrabia Leopold Gotard Schaffgotsch w trzech skrzydłach klasztoru (zachodnie, północne i wschodnie) umieścił rodowe zbiory biblioteczne przeniesione z pałacu w Sobieszowie. Skrzydło południowe klasztoru należało do kościoła parafialnego św. Jana Chrzciciela i służyło jako plebania dla proboszcza tej parafii. Od roku 1945, a więc po zakończeniu II wojny światowej, w wyniku układu w Poczdamie i umową polsko-niemiecką, Dolny Śląsk został włączony w granice Polski.
Pomieszczenia klasztorne, w których mieściły się rodowe zbiory biblioteczne Schaffgotschów, przeszły pod zarząd Państwowego Uzdrowiska w Cieplicach. Księgozbiór biblioteki przejęły ówczesne władze polskie. Od tego roku skrzydło południowe klasztoru jest zajmowane przez Zakon Pijarów, który kontynuuje pracę duszpasterską w parafii św. Jana Chrzciciela. Dawna szkoła klasztorna służy obecnie jako Biuro Parafialne, Świetlica Środowiskowa i Punkt Caritas.