W liście z 30 grudnia 1641 od króla polskiego Władysława IV do Kalasancjusza, Władysław zaproponował pijarom lokalizację w Warszawie. W styczniu 1642 roku nadeszła do Warszawy odpowiedź od Kalasancjusza, w której wyrażał zgodę na wysłanie do Polski kilku zakonników. 1 grudnia 1642 roku zakonnicy weszli w posiadanie placu przy ulicy Długiej wraz ze starymi drewnianymi zabudowaniami. Przełożonym został ojciec Jacek Orselli. Rodzina zakonna składała się z dwóch księży, dwóch kleryków i jednego brata. Na miejscu danym im przez króla pijarzy wybudowali drewniany kościół. Umieścili w nim relikwie dwóch męczenników: św. Pryma i św. Felicjana, które przywiózł dla króla z Rzymu jeden z członków rodziny Ossolińskich. Już w roku 1643 pijarzy otworzyli pierwszą szkołę elementarną, w której uczono czytać, pisać, rachować, służyć do mszy oraz podstaw katechizmu. Rozpoczęli także nauczanie w domach prywatnych. Wiek XVII to także w Polsce okres nieustannych wojen. Podczas jednej z wielu, a dokładnie w czasie potopu szwedzkiego drewniany kościółek pijarski spłonął. Pijarzy od samego początku pobytu w Warszawie organizowali nauczanie. Podjęli duchową odpowiedzialność za edukację przyszłych elit politycznych Polski. W roku 1740 jeden z zakonników Stanisław Konarski założył Collegium Novum przemianowane w 1741 roku na Collegium Nobilium. Szkoła mieściła się najpierw w zabudowaniach klasztornych przy ulicy Długiej, potem wybudowano nowych gmach obok, przy Miodowej. Dziś mieści się tam Akademia Teatralna. Otwierając bardzo nowoczesną, jak na owe czasy szkołę, Konarskiemu przyświecała myśl Jana Zamoyskiego: Takie będą Rzeczypospolite, jakie jej młodzieży chowanie. Dzieło Stanisława Konarskiego zapoczątkowało gruntowną reformę szkolnictwa w Polsce. w konsekwencji dała podstawy do powstania Komisji Edukacji Narodowej, pierwszego w świecie świeckiego ministerstwa szkolnictwa. Collegium Nobilium miało uczyć przyszłych rządców państwa i osobistych doradców królów. W szkole uczono z programów rozszerzonych. Konarski zatrudniał tylko najlepiej wykształconych nauczycieli, którzy edukowali według najnowszych metod. Ograniczono nauczanie łaciny i greki, a główny nacisk położono na nauki przyrodnicze, matematykę, filozofię i języki nowożytne. Historia, język polski, ekonomia i prawo były nauczane według programów rozszerzonych. Nauka trwała 8 lat. Klasy II, IV i V były dwuletnie. Za swoje zasługi ks. Stanisław Konarski otrzymał od króla Stanisława Augusta Poniatowskiego wybity dla niego medal "Sapere Auso" - Temu, który odważył się być mądrym. Inni pijarzy otrzymali medale "Merentibus" - Zasłużonym. Wśród pijarów było wiele wybitnych osobistości: ksiądz Jakub Falkowski pracował z analfabetami, głuchoniemymi i ociemniałymi. Utworzył działający do dziś w Warszawie Instytut Głuchoniemych przy Placu Trzech Krzyży; lekarz Rafał Czerwiakowski nazwany ojcem chirurgii polskiej, wynalazca wielu narzędzi chirurgicznych i nowych metod leczenia; ksiądz Onufry Kopczyński, gramatyk i pedagog, napisał "Gramatykę dla szkół narodowych", autor wielu podręczników i wielu innych. Do najsławniejszych wychowanków Collegium Nobilium należeli: Tadeusz Kościuszko, przywódca insurekcji 1794 roku, walczył o niepodległość kolonii angielskich w Ameryce, Wojciech Bogusławski, nazwany ojcem polskiego teatru i opery, Ignacy Domeyko, światowej sławy inżynier, geolog i odkrywca. Wiek XIX nie był dla zakonu pijarów łaskawy. Rozbiory, udział wychowanków pijarów w powstaniu listopadowym a szczególnie polityka władz rosyjskich doprowadziła do tego, że pijarzy zostali zmuszeni do opuszczenia Warszawy. Także obszar posiadłości pijarów na Żoliborzu stał się terenem przeznaczonym pod budowę Cytadeli Warszawskiej. Pijarzy zostali zmuszeni do opuszczenia stolicy. Lud Warszawy nie zapomniał jednak o pijarach i bardzo za nimi tęsknił. W proteście przeciw represjom wobec zakonu powtarzano wierszyk: "Poczekajcie no kopułki, przyjdą jeszcze z Francji pułki. My nie chcemy obcej wiary, wróci nasza i pijary." Marzenia pijarów nauczaniu w Warszawie spełniły się dopiero w 1992 roku. Otwarto wtedy szkołę podstawową na Siekierkach, a gimnazjum w roku 2004. Dziś dzieło Stanisława Konarskiego cały czas się rozwija. Dzięki Dyrekcji oraz doborowej i doskonale wykształconej kadrze nauczycielskiej mury szkolne opuszczają ludzie pełni wiedzy i wiary w lepszą przyszłość.